Choroby zakaźne towarzyszą człowiekowi, czy też dokładniej mówiąc żywym organizmom już od samego początku, lecz w dziejach całej ziemi jest to zjawisko stosunkowo młode. Archeologom udało się stwierdzić występowanie próchnicy zębów na szczątkach pierwotnych ryb. Najwcześniejsze z archeologicznych odkryć, które świadczą o tym, że ludzie chorowali na choroby zakaźne są te, które pochodzą z czasów plejstocenu, jednak największych irch rozwój przypadł na czas plejstocenu, co jest także powiązane z silnym rozwojem rolnictwa i hodowli zwierząt, zmiana trybu życia na osiadły. Opisy chorób zakaźnych, proponowane leczenie i rodzaj profilaktyki pojawiały się już na terenie starożytnych Chin, a także później w dziełach Hipokratesa. W tamtych już czasach oraz późniejszych udawało się wskazywać niektóre z metod walki z tymi schorzeniami, między innymi odizolowanie osób chorych. Dopiero wiek osiemnasty przynosi duży przełom, gdyż w europie pojawiają się pierwsze szczepionki, w Chinach natomiast metoda ta znana była już kilka wieków przed naszą erą. Obecnie większość chorób zakaźnych w krajach rozwiniętych jest opanowana, jednak cały czas bardzo poważnym problemem pozostają choroby, które stają się oporne na działanie antybiotyków, a także pojawiające się cały czas nowe schorzenia, wywoływane przez patogeny, które do tej pory były nam nieznanymi.